تخلل حكم المولى إسماعيل صراعات داخلية عديدة أدت في معظمها إلى تصفية الآخر. أبرزها صراع السلطان مع أبنائه وتصفيتهم.
شكلت سنة 1700 بداية توتر بالنسبة لحكم المولى إسماعيل مع أبنائه، الذين كانوا موزعين في عدد من المناطق، ينوبون عن حكمه.
انطلق الصراع أولا مع مولاي أبي نصر الذي لم يتم تعيينه في أي منصب فأعلن ثورته وهاجم أخاه مولاي عبد المالك الذي كان نائبا للسلطان على درعة فاحتلها، قبل أن يطرد ويتيه في الصحراء طالبا مساعدة القبائل، لكن انتهي الأمر بمقتله.
أما أحد أكبر أبناء السلطان علما وشأنا وهو مولاي محمد العالم الحاكم على جهة سوس، فقد أعلن بدوره استقلال مناطق نفوذه وسار نحو مراكش ليحتلها، لكن انتهى به المطاف قتيلا بشكل فظيع، حيث قطعت أطرافه. تضيف المصادر أن مولاي زيدان لم يتقبل مصير أخيه، فثار بدوره في مراكش ضد حكم والده، لكنه لقي نفس مصير شقيقه.
خلص المولى إسماعيل من هذه الحوادث، إلى أن يعزل باقي أبنائه من الأقاليم التي ولاهم عليها، لكي يضمن الاستقرار ولكي لا يخسر باقي أولاده.
